MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Mannheimia haemolytica USDA-ARS-USMARC-183

Total Repeats: 6796

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020833	ATT	2	6	57	62	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020833	AAT	2	6	760	765	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020833	GA	3	6	2190	2195	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020833	TAA	2	6	2212	2217	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_020833	GGGT	2	8	2308	2315	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020833	TC	3	6	2388	2393	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
7	NC_020833	A	6	6	2407	2412	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020833	T	7	7	2429	2435	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_020833	GTA	2	6	2448	2453	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10	NC_020833	TTA	2	6	2459	2464	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_020833	ATT	2	6	2472	2477	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_020833	T	6	6	2485	2490	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_020833	CAAA	2	8	2493	2500	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
14	NC_020833	A	6	6	2530	2535	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_020833	GCT	2	6	3237	3242	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_020833	GTA	2	6	5086	5091	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
17	NC_020833	T	6	6	5103	5108	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_020833	AG	3	6	5971	5976	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
19	NC_020833	A	7	7	5981	5987	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_020833	A	6	6	6059	6064	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_020833	A	7	7	6083	6089	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_020833	T	6	6	6108	6113	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_020833	TAA	2	6	6889	6894	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_020833	TTAT	2	8	6938	6945	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_020833	GAA	2	6	7362	7367	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
26	NC_020833	T	6	6	9640	9645	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_020833	GA	3	6	10697	10702	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
28	NC_020833	TGA	2	6	10772	10777	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
29	NC_020833	A	6	6	13244	13249	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_020833	ACT	2	6	13251	13256	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_020833	GCCA	2	8	13276	13283	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
32	NC_020833	TCA	2	6	13300	13305	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_020833	AGCCG	2	10	13340	13349	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
34	NC_020833	GTT	2	6	13429	13434	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
35	NC_020833	TTA	2	6	13444	13449	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_020833	GTTT	2	8	13630	13637	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
37	NC_020833	AAAT	2	8	13700	13707	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_020833	AAAAG	2	10	13725	13734	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
39	NC_020833	A	6	6	13760	13765	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020833	CTA	2	6	15411	15416	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_020833	AAT	2	6	15473	15478	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_020833	T	6	6	15518	15523	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_020833	GA	3	6	15528	15533	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020833	TAG	2	6	16163	16168	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
45	NC_020833	A	6	6	16182	16187	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_020833	CAAAA	2	10	16189	16198	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
47	NC_020833	CTC	2	6	16727	16732	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
48	NC_020833	T	6	6	16801	16806	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020833	T	6	6	16824	16829	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_020833	TCA	2	6	16852	16857	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_020833	A	6	6	16887	16892	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_020833	TTTAG	2	10	18468	18477	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
53	NC_020833	ATT	2	6	20746	20751	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_020833	CCT	2	6	22864	22869	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
55	NC_020833	CCT	2	6	23348	23353	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
56	NC_020833	GTT	2	6	23698	23703	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
57	NC_020833	A	6	6	24907	24912	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_020833	CA	3	6	24996	25001	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
59	NC_020833	TAA	2	6	25009	25014	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_020833	TTG	2	6	25069	25074	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
61	NC_020833	TTC	2	6	25104	25109	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_020833	A	8	8	25119	25126	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_020833	TTTA	2	8	25128	25135	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_020833	T	7	7	25143	25149	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_020833	A	7	7	25176	25182	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_020833	CAA	2	6	25183	25188	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_020833	GT	4	8	25195	25202	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
68	NC_020833	ATT	2	6	25218	25223	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_020833	ATA	2	6	25269	25274	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_020833	AT	3	6	25280	25285	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_020833	A	7	7	25312	25318	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_020833	GAA	2	6	25319	25324	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
73	NC_020833	TG	3	6	26582	26587	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
74	NC_020833	A	6	6	26611	26616	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_020833	AG	3	6	26661	26666	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
76	NC_020833	T	6	6	29917	29922	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_020833	T	6	6	30823	30828	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_020833	T	6	6	30850	30855	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020833	GTG	2	6	32459	32464	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
80	NC_020833	GAG	2	6	32489	32494	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
81	NC_020833	T	7	7	34305	34311	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_020833	CTCC	2	8	35369	35376	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
83	NC_020833	G	6	6	35381	35386	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
84	NC_020833	GTT	2	6	35388	35393	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
85	NC_020833	CTA	2	6	35403	35408	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_020833	GA	3	6	35412	35417	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
87	NC_020833	AGG	2	6	36502	36507	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
88	NC_020833	GA	4	8	38040	38047	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
89	NC_020833	AG	4	8	38079	38086	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
90	NC_020833	A	6	6	38111	38116	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_020833	CTCC	2	8	38130	38137	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
92	NC_020833	TCC	2	6	38156	38161	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
93	NC_020833	AAAT	2	8	40394	40401	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_020833	GTT	2	6	40420	40425	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
95	NC_020833	T	6	6	40424	40429	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_020833	A	6	6	40463	40468	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_020833	AG	3	6	40470	40475	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
98	NC_020833	TGT	2	6	41397	41402	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
99	NC_020833	T	6	6	41431	41436	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_020833	ACAA	2	8	41437	41444	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
101	NC_020833	T	6	6	42957	42962	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_020833	T	6	6	42977	42982	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_020833	TTTA	2	8	42984	42991	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_020833	TTAA	2	8	43002	43009	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_020833	TTAAA	2	10	43017	43026	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_020833	ATT	2	6	43034	43039	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_020833	TAA	2	6	43057	43062	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_020833	TTTTAT	2	12	43083	43094	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_020833	TTAA	2	8	43104	43111	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_020833	TTA	2	6	43490	43495	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_020833	GCTT	2	8	44270	44277	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
112	NC_020833	AAAAT	2	10	45939	45948	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_020833	TTCT	2	8	46018	46025	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
114	NC_020833	AAG	2	6	46034	46039	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
115	NC_020833	AG	3	6	46038	46043	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
116	NC_020833	T	6	6	46088	46093	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_020833	T	6	6	46109	46114	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_020833	A	6	6	46137	46142	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_020833	T	6	6	46154	46159	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_020833	TAT	2	6	46169	46174	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_020833	AGGA	2	8	47701	47708	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
122	NC_020833	TTC	2	6	47717	47722	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_020833	T	6	6	48866	48871	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_020833	A	7	7	48874	48880	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_020833	TTTTCG	2	12	48898	48909	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
126	NC_020833	AAT	2	6	48915	48920	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_020833	TAG	2	6	48979	48984	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
128	NC_020833	AGT	2	6	49008	49013	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
129	NC_020833	T	6	6	50398	50403	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_020833	CCT	2	6	54583	54588	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
131	NC_020833	TA	3	6	54592	54597	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_020833	T	6	6	54649	54654	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_020833	T	7	7	54666	54672	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_020833	AAAT	2	8	54700	54707	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_020833	ATA	2	6	54716	54721	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_020833	A	7	7	54728	54734	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_020833	TTA	2	6	54742	54747	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_020833	GCAG	2	8	54782	54789	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
139	NC_020833	A	7	7	54796	54802	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_020833	CGG	2	6	55704	55709	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
141	NC_020833	AACC	2	8	55771	55778	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
142	NC_020833	GTA	2	6	55783	55788	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
143	NC_020833	TCT	2	6	57686	57691	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
144	NC_020833	CTG	2	6	57707	57712	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
145	NC_020833	ATC	2	6	57745	57750	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
146	NC_020833	AG	3	6	57767	57772	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
147	NC_020833	ATATA	2	10	57797	57806	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_020833	TA	3	6	57811	57816	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_020833	TTA	2	6	57836	57841	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_020833	A	6	6	58007	58012	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_020833	T	6	6	58056	58061	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_020833	ATTT	2	8	58067	58074	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_020833	TTTA	2	8	58078	58085	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
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155	NC_020833	TTAC	2	8	58654	58661	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
156	NC_020833	T	6	6	59343	59348	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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158	NC_020833	T	6	6	61961	61966	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
159	NC_020833	T	6	6	61972	61977	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
160	NC_020833	TAAT	2	8	63195	63202	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
161	NC_020833	TAAT	2	8	63239	63246	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
162	NC_020833	AAT	2	6	63261	63266	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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168	NC_020833	T	6	6	70938	70943	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
169	NC_020833	ATT	2	6	74326	74331	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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171	NC_020833	T	6	6	75460	75465	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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175	NC_020833	TAT	2	6	77709	77714	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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177	NC_020833	TTA	2	6	81082	81087	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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179	NC_020833	AATT	2	8	81106	81113	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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183	NC_020833	T	7	7	83366	83372	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
184	NC_020833	T	6	6	83429	83434	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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190	NC_020833	AC	4	8	85343	85350	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
191	NC_020833	CACAC	2	10	85356	85365	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
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193	NC_020833	AC	4	8	85374	85381	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
194	NC_020833	CA	5	10	85382	85391	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
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196	NC_020833	CAAC	3	12	85404	85415	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
197	NC_020833	AACC	8	32	85416	85447	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
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441	NC_020833	GTT	2	6	151126	151131	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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443	NC_020833	GGA	2	6	151248	151253	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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449	NC_020833	GGA	2	6	151710	151715	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
450	NC_020833	TCA	2	6	151735	151740	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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459	NC_020833	TGT	2	6	152242	152247	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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463	NC_020833	GA	3	6	152382	152387	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
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474	NC_020833	TCC	2	6	152981	152986	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
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500	NC_020833	GACA	2	8	154915	154922	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding

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